EPA税率適用のための原産地証明制度

EPA税率適用のための原産地証明制度とは

EPA税率適用のための原産地証明制度とは、EPA税率を利用して貨物を日本に輸入する際に、その貨物が協定で定められた「原産品」であることを証明するための制度です。

EPA税率は、通常の関税率より低く設定されている場合があります。しかし、EPA締約国から輸入された貨物であれば自動的に適用されるものではありません。

対象貨物が協定上の原産地基準を満たし、必要な原産地証明手続を行い、輸入申告時に税関へEPA税率の適用を申告する必要があります。

この制度は、EPA締約国間で合意された関税上の優遇を、要件を満たす貨物に正しく適用するための制度です。

企業実務では、輸入コストの削減、仕入価格の競争力向上、サプライチェーンの見直し、関税リスク管理に関係します。

一方で、誤ったEPA適用は、特恵税率の否認、関税差額の発生、追加納税、延滞税、社内管理上の問題につながることがあります。

この記事で扱う範囲

本記事では、日本への輸入時にEPA税率を適用するための原産地証明制度を、輸入実務の観点から整理します。

特に、次の点を中心に扱います。

• EPA税率を使う前に確認すべき基本順序
• MFN税率とEPA税率の比較
• HSコードと原産地基準の関係
• 完全生産品、原産材料のみから生産された産品、品目別原産地規則
• 第三者証明制度、認定輸出者制度、自己申告制度の違い
• CPTPP、日EU・EPA、RCEPなど主要協定の証明方式の違い
• 自己申告制度で必要になりやすい根拠資料
• 積送基準と第三国経由貨物の確認
• 輸入者、フォワーダー、通関業者の役割分担
• 輸入後の書類保存と税関の事後確認
• 実務で問題になりやすいケース

本記事は、EPA税率を安全に使うための入口記事です。個別協定ごとの細かい記載要件、品目別原産地規則、税率、保存義務は、対象協定、HSコード、貨物内容ごとに税関の最新情報を確認する必要があります。

EPA税率は自動的には適用されない

EPA締約国から貨物を輸入する場合でも、EPA税率は自動的に適用されません。

輸入者は、対象貨物について次の条件を確認する必要があります。

• 日本と輸出国の間に利用可能なEPAがあること
• 対象貨物にEPA税率が設定されていること
• 貨物が協定上の原産品であること
• 協定で定められた原産地証明手続を満たすこと
• 積送基準を満たすこと
• 輸入申告時にEPA税率の適用を正しく申告すること
• 輸入後の事後確認に対応できる資料を保存すること

EPA税率の適用は、国単位ではなく、貨物単位、HSコード単位、協定単位で判断します。

同じ国から輸入する貨物であっても、品目が変わればEPA税率、原産地基準、証明方式が変わることがあります。

EPA税率適用の基本的な流れ

EPA税率を適用するには、一般的に次の流れで確認します。

1. 日本と相手国がEPAを締結しているか確認する
2. 輸入貨物のHSコード・統計細分を確認する
3. MFN税率とEPA税率を比較する
4. 対象貨物にEPA税率が設定されているか確認する
5. 適用される原産地基準を確認する
6. 貨物が原産地基準を満たすか確認する
7. 利用できる証明方式を確認する
8. 原産地証明書、原産品申告書、原産地申告文など必要書類を準備する
9. 第三国経由の場合は積送基準を満たす資料を確認する
10. 輸入申告時に税関へEPA税率の適用を申告する
11. 輸入後の書類保存と税関の事後確認に備える

この流れの中で、最初に重要になるのはHSコードです。

HSコードを誤ると、EPA税率、原産地基準、証明方式、必要書類の確認も誤る可能性があります。

MFN税率とEPA税率を比較する

EPA税率を使う前に、まずMFN税率とEPA税率を比較します。

MFN税率とは、一般的に適用される最恵国税率です。EPA税率は、協定上の条件を満たした場合に適用できる特恵税率です。

実務上は、次のように整理します。

確認項目	確認内容	実務上の意味
HSコード	輸入貨物の正しい関税分類	税率と原産地基準を確認する出発点
MFN税率	通常適用される関税率	EPAを使う必要があるか判断する
EPA税率	対象協定で設定された特恵税率	関税削減効果を確認する
税率差	MFN税率とEPA税率の差	EPA手続を行う実益を判断する
手続コスト	証明書取得、資料作成、社内管理の負担	関税削減効果と事務負担を比較する

MFN税率が無税である場合や、EPA税率との差が小さい場合、EPA手続を行う実益が小さいことがあります。

一方で、継続輸入、大量輸入、高税率品目では、EPA税率の活用によるコスト削減効果が大きくなる場合があります。

原産地基準の確認

EPA税率を適用するには、対象貨物が協定上の原産品であることを確認する必要があります。

原産地基準には、主に次のような考え方があります。

基準	意味	実務上の確認資料
完全生産品	一つの国で完全に得られ、または生産された産品	収穫証明、漁獲証明、生産地資料、製造者証明
原産材料のみから生産された産品	原産材料だけを使って生産された産品	材料明細、仕入先証明、原材料の原産性資料
関税分類変更基準	非原産材料のHSコードが製造後に一定の分類変更を満たす基準	材料HSコード、完成品HSコード、製造工程表
付加価値基準	一定以上の付加価値が締約国内で加えられたことを求める基準	コスト計算書、材料価格、製造原価、販売価格
加工工程基準	協定で定める特定の加工工程が行われたことを求める基準	製造工程記録、加工証明、工場資料
品目別原産地規則	HSコードごとに定められた個別の原産地ルール	協定附属書、品目別規則、製造資料

複数国の部品や材料を使っている製品では、単に輸出国で出荷されたというだけでは原産品とはいえません。

原材料の原産地、製造工程、加工内容、付加価値、HSコードの変化を確認する必要があります。

第三者証明制度とは

第三者証明制度とは、輸出国の発給機関が原産地証明書を発給する方式です。

輸出者または生産者が発給機関に申請し、発給された原産地証明書を輸入申告時に利用します。

第三者証明制度では、発給機関が関与するため、形式上は分かりやすい一方で、発給までに時間や費用がかかることがあります。

また、原産地証明書が発給されていても、税関が通関時または輸入後に原産性を確認することがあります。

そのため、輸入者は、原産地証明書の記載内容、貨物内容、インボイス、HSコード、輸送経路を確認しておく必要があります。

認定輸出者制度とは

認定輸出者制度とは、輸出国の当局から認定を受けた輸出者が、自ら原産地申告を作成できる制度です。

認定輸出者は、インボイスなどの商業書類上に原産地申告文を記載する形で、原産性を証明することがあります。

認定輸出者制度は、発給機関による個別発給を省略できるため、継続取引では実務上の利便性があります。

一方で、認定輸出者が原産性を適切に判断し、その根拠資料を保存していることが前提になります。

輸入者側では、相手方が認定輸出者として有効に認定されているか、申告文が協定上求められる内容を満たしているか、対象貨物と書類が一致しているかを確認します。

自己申告制度とは

自己申告制度とは、輸出者、生産者または輸入者が、貨物が原産品であることを自ら申告する方式です。

協定によって、誰が申告主体になれるか、どの書類が必要か、保存義務の内容は異なります。

自己申告制度では、原産品申告書や原産性を明らかにする資料を作成・保存し、税関から求められた場合に説明できる状態にしておく必要があります。

第三者機関が証明書を発給する方式ではないため、申告主体の原産地管理能力が重要になります。

輸入者が自己申告を行う場合、輸入者自身が原産性を判断する根拠資料を持っているか、または輸出者・生産者から必要資料を入手できる体制があるかを確認する必要があります。

証明方式の違い

EPAの原産地証明手続は、協定ごとに異なります。

第三者証明制度を採用している協定、認定輸出者制度を利用できる協定、自己申告制度を採用している協定があります。

証明方式	作成・発給する者	主な書類	実務上の注意点
第三者証明制度	輸出国の発給機関	原産地証明書	発給までの時間、記載内容、貨物との一致を確認する
認定輸出者制度	認定を受けた輸出者	原産地申告文、商業書類	認定輸出者番号、申告文、対象貨物の一致を確認する
自己申告制度	輸出者、生産者または輸入者	原産品申告書、原産品申告明細書、根拠資料	申告主体が原産性を説明できる資料を保存する

EPA税率を適用する際は、まず対象協定を確認し、その協定で利用できる証明方式を確認することが重要です。

主要協定別の証明方式の整理

証明方式は協定ごとに異なります。

以下は実務上の整理例です。実際の適用可否や必要書類は、対象協定、相手国、貨物、輸入時点の税関情報で確認します。

協定例	主な証明方式	輸入者が確認すべき書類	注意点
CPTPP	自己申告制度	原産地証明書類、必要的記載事項を満たす書類、根拠資料	輸出者・生産者・輸入者のいずれが申告主体かを確認する
日EU・EPA	自己申告制度	原産品申告書、原産品であることを明らかにする資料	輸出者作成の申告か、輸入者の知識に基づく申告かを確認する
日英EPA	自己申告制度	原産地申告、原産性を示す資料	日EU・EPAに近い実務だが、協定別に確認する
RCEP	第三者証明、認定輸出者、輸出者・生産者による自己申告など	原産地証明書、原産品申告書、原産品申告明細書など	相手国により利用できる制度や時期が異なる場合がある
日豪EPA	自己申告制度など	原産品申告書、原産品申告明細書、根拠資料	輸入者側で根拠資料を保存できるか確認する
その他EPA	協定により異なる	原産地証明書、原産地申告、関連資料	協定ごとの税関案内を確認する

同じEPAでも、相手国、発効時期、証明方式、移行措置、書類要件が異なることがあります。

「前回この協定で使えたから今回も同じ」と考えず、貨物ごとに確認します。

自己申告制度で必要になりやすい根拠資料

自己申告制度では、原産品であることを申告するだけでは不十分です。

税関から確認を求められた場合に、原産性を説明できる資料を保存しておく必要があります。

資料	確認内容	主に必要になる場面
製造工程表	どの国でどの工程が行われたか	加工工程基準、実質的変更の確認
材料表・部品表	使用材料、部品、原材料の一覧	原産材料・非原産材料の確認
材料の原産地証明資料	原材料が原産材料かどうか	原産材料のみから生産された産品の確認
完成品と材料のHSコード資料	関税分類変更基準を満たすか	CTC基準の確認
コスト計算書	付加価値基準を満たすか	RVCなど価額基準の確認
製造原価資料	材料費、労務費、製造経費など	付加価値計算の裏付け
仕入書・請求書	原材料の購入先、価格、原産地	材料の由来確認
生産者証明	生産者が原産性を説明する資料	輸出者が製造していない場合
原産品申告明細書	原産性の判断根拠を整理した資料	日本税関への説明資料
輸送書類	積送基準を満たすか	第三国経由、積替え、一時保管がある場合

輸入者が自己申告を行う場合、輸入者自身がこれらの資料を持っているか、または輸出者・生産者から入手できるかが重要です。

輸出者が「原産品です」と回答しただけでは、事後確認に対応できない場合があります。

積送基準の確認

EPA税率を適用するには、原産地基準だけでなく、積送基準も確認する必要があります。

積送基準とは、原産品が輸出国から輸入国まで適切に輸送され、途中で原産品としての資格を失っていないことを確認するための基準です。

輸出国から日本へ直接輸送される場合は比較的整理しやすくなります。

一方で、第三国を経由する場合は、第三国で加工や改変が行われていないこと、税関の管理下に置かれていたこと、単なる積替えや一時保管にとどまることを説明できる資料が必要になることがあります。

実務では、次の資料が積送基準の確認に使われます。

• B/L
• Sea Waybill
• AWB
• 通し船荷証券
• 積替え記録
• 保税保管資料
• 非加工証明
• 第三国税関の証明書
• 倉庫保管記録
• コンテナ番号・シール番号の記録

輸送書類は、単なる物流書類ではありません。

EPA税率適用の根拠資料として、積送基準を説明するために重要になることがあります。

輸入申告時の手続

EPA税率を適用する場合、輸入申告時に税関へEPA税率の適用を申告し、必要な原産地証明書類を提出または保存します。

提出が必要な書類や入力内容は、協定、証明方式、貨物内容によって異なります。

電子申告を行う場合は、EPA税率の適用に必要なコードや証明書識別に関する入力を正確に行う必要があります。

入力内容や書類に不備があると、EPA税率の適用確認に時間がかかったり、追加資料の提出を求められたりすることがあります。

輸入者、フォワーダー、通関業者は、輸入申告前に、EPA税率適用の根拠資料がそろっているか確認します。

輸入後の書類保存と税関確認

EPA税率を適用した後も、原産地証明書類や原産性を裏付ける資料の保存が必要になります。

輸入実務では、輸入者に一定期間の書類保存が求められます。保存期間や保存主体は、協定、国内法令、証明方式によって異なるため、対象協定ごとに確認が必要です。

税関は、輸入後に原産性を確認することがあります。

この事後確認では、輸入者、輸出者、生産者、または輸出国当局に対して、原産性を確認するための資料提出や説明が求められることがあります。

原産地証明書や申告書があっても、その根拠資料を提示できない場合、EPA税率の適用が認められないことがあります。

そのため、申告時だけでなく、将来の事後確認を見据えた書類管理が重要です。

輸入者・フォワーダー・通関業者の役割分担

EPA税率の適用では、輸入者、フォワーダー、通関業者の役割を分けて整理することが重要です。

関係者	主な役割	注意点
輸入者	EPA適用の判断、原産性資料の入手、書類保存、事後確認対応	最終的なEPA適用リスクを負う立場
輸出者	原産地証明書の取得、原産地申告、原産性資料の提供	協定上、申告主体になれるか確認する
生産者	製造工程、材料情報、原産性根拠資料の提供	輸出者と生産者が異なる場合に重要
フォワーダー	輸送書類、積送基準資料、B/L、積替え情報の提供	EPA適用の最終判断者ではないが、積送基準資料で重要
通関業者	輸入申告、税率適用コード、証明書識別、書類提出支援	輸入者から十分な根拠資料を受け取る必要がある

フォワーダーや通関業者は、EPA税率適用のために書類を扱うことがありますが、原産性を最終的に保証する立場ではありません。

輸入者は、輸出者や生産者から必要資料を入手し、税関からの確認に対応できる体制を整える必要があります。

実務で問題になりやすいケース

HSコードの誤りで原産地基準も誤るケース

輸入申告時のHSコードが誤っていたため、本来確認すべき品目別原産地規則とは異なる基準でEPA税率を適用していたケースです。

EPA税率はHSコードを起点に確認します。

HSコードが変わると、EPA税率、原産地基準、証明方式、必要資料も変わる可能性があります。

MFN税率が無税なのにEPA手続をしていたケース

MFN税率がすでに無税であるにもかかわらず、EPA税率適用のために原産地証明書を取得していたケースです。

この場合、EPA手続による関税削減効果がないことがあります。

まずMFN税率とEPA税率を比較し、EPA手続を行う実益があるか確認します。

第三国経由貨物で積送基準の資料が不足するケース

輸出国から日本へ直接輸送されず、第三国で積替えや一時保管が行われた貨物について、積送基準を満たす資料が不足するケースです。

この場合、B/L、通し船荷証券、第三国での保税保管資料、非加工証明、コンテナシール記録などを確認します。

第三国で加工や改変が行われたと判断されると、EPA税率の適用に問題が生じる可能性があります。

自己申告制度で根拠資料が入手できないケース

輸入者が自己申告制度を利用したものの、輸出者や生産者から製造工程表、材料表、コスト計算書などの根拠資料を入手できないケースです。

自己申告では、申告書そのものよりも、原産性を説明できる根拠資料が重要です。

輸入者は、取引開始前に、輸出者・生産者がどこまで資料提供できるか確認します。

原産地証明書の記載内容と輸入書類が一致しないケース

原産地証明書の商品名、数量、インボイス番号、輸出者名、輸入者名などが、インボイスやB/Lと一致しないケースです。

軽微な表記差で済む場合もありますが、貨物の同一性が確認できない場合、税関から追加説明を求められることがあります。

輸入申告前に、原産地証明書、インボイス、パッキングリスト、輸送書類の内容を照合します。

輸入後の事後確認でEPA税率が否認されるケース

輸入時にはEPA税率が適用されたものの、輸入後の税関確認で原産性を説明できず、EPA税率の適用が否認されるケースです。

この場合、関税差額、消費税差額、延滞税、社内修正対応が発生することがあります。

EPA税率は、輸入許可時に終わる確認ではありません。輸入後も根拠資料を保存し、事後確認に対応できる状態にしておく必要があります。

実務上のポイント

EPA税率を安全に活用するには、次の点を確認します。

• EPA締約国からの輸入であっても、すべての貨物にEPA税率が使えるわけではないこと
• まずHSコードを確認し、MFN税率とEPA税率を比較すること
• MFN税率が無税またはEPA税率と差が小さい場合、EPA手続の実益を確認すること
• HSコードを誤ると、EPA税率や原産地基準の確認も誤る可能性があること
• 原産地証明方式は協定ごとに確認すること
• 自己申告制度では、原産性を説明できる根拠資料を保存すること
• 第三国を経由する場合は、積送基準を満たす資料を確認すること
• 輸入申告時の証明書識別やコード入力を正確に行うこと
• 輸入後の事後確認に備えて、関係書類を保存すること
• 輸入者、輸出者、生産者、フォワーダー、通関業者の役割分担を明確にすること

注意点

EPA税率の適用では、次の点に注意します。

• EPA税率を、協定対象外の貨物に適用しないこと
• HSコードが不明確なままEPA税率を判断しないこと
• 原産地証明書や原産品申告書の記載不備を見落とさないこと
• 原産性を裏付ける資料がないまま自己申告しないこと
• 第三国経由貨物で、積送基準の確認資料を用意しないまま申告しないこと
• 輸入後の事後確認に対応できない状態でEPA税率を適用しないこと
• 協定ごとの証明方式や保存義務を混同しないこと
• フォワーダーや通関業者に任せきりにせず、輸入者として資料管理を行うこと

まとめ

• EPA税率適用のための原産地証明制度は、輸入貨物が協定上の原産品であることを証明する制度
• EPA締約国からの輸入であっても、EPA税率は自動的には適用されない構造
• 実務では、HSコード、MFN税率、EPA税率、原産地基準、証明方式、積送基準を順番に確認する必要
• MFN税率が無税またはEPA税率との差が小さい場合、EPA手続を行う実益を確認する必要
• 原産地基準には、完全生産品、原産材料のみから生産された産品、関税分類変更基準、付加価値基準、加工工程基準などがある整理
• 証明方式には、第三者証明制度、認定輸出者制度、自己申告制度があり、協定ごとに利用できる方式が異なる構造
• CPTPP、日EU・EPA、RCEPなどでは、必要書類や証明方式を協定ごとに確認する必要
• 自己申告制度では、製造工程表、材料表、コスト計算書、原産品申告明細書などの根拠資料が重要
• 第三国経由貨物では、積送基準を満たす資料を確認する必要
• EPA税率の適用は輸入申告時だけで終わらず、輸入後の書類保存と税関の事後確認まで含めて管理する実務