EPA利用時の書類保存と税関確認

EPA利用時の書類保存と税関確認とは、EPA税率の適用を受けた後も、原産地証明の根拠資料を保存し、税関からの事後確認に対応できる状態を維持する実務です。

EPAは、輸入時に原産地証明書や原産品申告書を提出すれば終わりではありません。輸入国税関は、輸入許可後に、その貨物が本当に協定上の原産品であったかを確認することがあります。

必要な書類を提示できない場合、実際には原産品であったとしても、特恵税率の適用が認められないことがあります。

そのため、EPAを利用する企業は、申告時点だけでなく、輸入後の税関確認を見据えて、原産地判定資料、商業書類、製造資料、輸送書類、サプライヤー資料などを整理・保存しておく必要があります。

EPA利用時に書類保存が重要になる理由

EPA税率は、対象貨物が協定上の原産品であることを前提に適用されます。

税関は、輸入申告時だけでなく、輸入許可後にも、原産性が正しく確認されていたかを事後的に確認することがあります。

この確認では、単に「実際には原産品である」と説明するだけでは不十分です。税関は、提出された書類や保存資料に基づいて原産性を確認します。

したがって、原産性の実態があっても、証拠資料が揃っていなければ、特恵税率の適用が否認される可能性があります。

特に自己申告制度を利用する場合は、原産品申告書を作成した者が、なぜその貨物を原産品と判断したのかを説明できる資料を保存しておくことが重要です。

EPA書類保存の基本構造

EPAの書類保存では、誰が原産性を判断し、誰が申告書を作成し、誰が根拠資料を保有しているかを整理する必要があります。

輸入者が自己申告を行う場合、輸入者自身が、HSコード、品目別原産地規則、製造工程、原材料、原価計算などの根拠を確認しなければなりません。

輸出者または生産者が原産品申告書を作成する場合でも、輸入者はEPA税率の適用を受ける立場として、税関確認に対応できる連絡体制を整えておく必要があります。

また、輸出者が商社であり、生産者が製造情報を保有している場合、商社だけでは十分な説明ができないことがあります。この場合、生産者から税関へ直接情報を提供する対応が必要になることがあります。

保存期間の考え方

EPA関連書類の保存期間は、協定、国内法令、申告主体によって異なります。

日本でEPA税率を適用して輸入する場合、輸入者は、原則として輸入許可の日の翌日から一定期間、輸入申告内容や原産性に関する書類を保存する必要があります。

一般的な輸入実務では、輸入関係書類の保存期間は輸入許可の日の翌日から5年間、帳簿は7年間と整理されます。

ただし、EPAの自己申告制度では、協定ごとに輸出者・生産者側の保存期間が異なることがあります。

たとえば、CPTPPでは、原産品申告書や誓約書を作成した輸出者または生産者が、原産品に関する書類を作成日から5年間保存する必要があります。

一方、RCEPでは、日本における輸入者の保存義務は輸入許可の日の翌日から5年間とされる一方、輸出者・生産者自己申告の場合の輸出者・生産者側の保存義務は、作成日から3年間と整理されています。

日EU・EPAでは、輸出者側に原産地に関する申告の写しや原産性関連記録を一定期間保存する義務があります。

このように、単に「5年間」と覚えるのではなく、対象協定、輸入国、申告主体、証明方式ごとに保存期間を確認する必要があります。

EPA利用時の実務の流れ

EPAを利用する場合、まず対象貨物にどのEPAを使うのかを確認します。同じ国との取引でも、利用できる協定が複数ある場合があります。

次に、HSコードを確認します。EPAの原産地規則は品目ごとに異なるため、HSコードが誤っていると、品目別原産地規則の確認も誤ることになります。

そのうえで、品目別原産地規則（PSR）を確認します。PSRには、関税分類変更基準（CTC）、付加価値基準（RVC）、加工工程基準などがあり、どの基準を満たす必要があるかを確認します。

原産性を確認した後、原産地証明書、原産品申告書、原産品申告明細書など、対象協定と証明制度に応じた書類を準備します。

同時に、申告書を作成する根拠となる製造工程表、原材料リスト、原価計算資料、サプライヤー証明書、輸送書類などを整理します。

輸入申告時には、必要書類を提出し、EPA税率の適用を申告します。

輸入許可後も、税関から事後確認を受ける可能性があるため、関係書類を保存し、輸出者、生産者、サプライヤー、通関業者との連絡体制を維持しておくことが重要です。

保存すべき主要書類

EPA利用時に保存すべき書類は、協定、証明制度、申告主体、貨物の内容によって異なります。

実務上は、次のような資料を分類して保存しておくと、税関確認に対応しやすくなります。

申告・証明に関する書類

• 原産地証明書
• 原産品申告書
• 原産品申告明細書
• 原産地に関する申告文

これらは、EPA税率の適用を受けるための中心書類です。ただし、これらの書類だけで原産性を十分に説明できるとは限りません。

取引・通関に関する書類

• 商業インボイス
• パッキングリスト
• 輸入許可通知書
• 通関申告関連資料
• 契約書、発注書、納品書

これらの書類は、取引内容、貨物明細、申告内容、価格、輸入者・輸出者の関係を確認するために必要になります。

原産性を裏付ける資料

• HSコード確認資料
• 品目別原産地規則（PSR）の確認資料
• 製造工程表
• 原材料リスト
• 部品表、材料表
• 投入記録、製造記録、出荷記録
• 原価計算資料、RVC計算資料

製造工程表は、どこでどの加工が行われたかを示す資料です。加工工程基準や実質的変更を説明する場合に重要になります。

原材料リストや部品表は、非原産材料と原産材料を区別し、関税分類変更基準（CTC）を満たしているかを説明する際に必要になります。

RVC計算資料は、付加価値基準を使う場合に必要です。RVCとはRegional Value Contentの略で、一定割合以上の付加価値が協定締約国内で生じていることを示す基準です。

サプライヤー関連資料

• サプライヤー証明書
• サプライヤーが作成した材料証明
• 原材料・部品の原産地証拠資料
• サプライヤー証明書の根拠資料

サプライヤー証明書は重要ですが、それだけで十分とは限りません。税関確認では、サプライヤー証明書の根拠となる資料の提示を求められることがあります。

輸送・積送基準に関する書類

• B/L、Sea Waybill、航空運送状などの輸送書類
• 通し船荷証券
• 積替え記録
• 第三国での保税保管資料
• 運送要件証明書

輸送書類は、単なる物流書類ではなく、直送要件または積送基準を確認するために重要になることがあります。

第三国を経由する場合には、原産品としての資格を失っていないことを示すため、通し船荷証券、積替え記録、保税管理資料などが必要になることがあります。

税関確認への対応記録

• 税関からの照会文書
• 税関への回答書
• 追加資料提出の記録
• 輸出者・生産者・サプライヤーとの連絡記録

事後確認では、過去にどのような説明を行い、どの資料を提出したかが重要になります。社内で対応履歴を残しておくことが、次回以降の対応にも役立ちます。

フォワーダーの関与範囲

フォワーダーは、EPA利用において、通関書類や輸送書類の整合確認を支援することがあります。

しかし、フォワーダーは通常、貨物の原産性そのものを判断する立場ではありません。

原産性の判断には、HSコード、品目別原産地規則、原材料、製造工程、原価計算、サプライチェーン情報などが必要です。これらは輸入者、輸出者、生産者が把握すべき情報であり、フォワーダーだけで判断できるものではありません。

フォワーダーの役割は、B/LやSea Waybillなどの輸送書類、インボイス、パッキングリスト、通関書類の整合を確認し、必要資料の不足や積送基準上の問題を指摘する補助的な範囲にとどまります。

そのため、EPA利用の可否や原産性判断については、輸入者、輸出者、生産者が主体となり、必要に応じて通関業者、専門家、税関相談を利用することが実務上安全です。

税関による事後確認とは

税関による事後確認とは、EPA税率を適用して輸入された貨物について、その貨物が本当に協定上の原産品であったかを、輸入後に確認する手続です。

英語ではVerificationと呼ばれます。

事後確認では、税関から輸入者に対して、原産性を確認するための資料提出や説明を求められることがあります。

自己申告制度の場合、原産品申告書の作成者や、原産性の根拠資料を保有している者が、確認対応の中心になります。

事後確認に対応できない場合、または提出資料により原産性を確認できない場合には、特恵税率の適用が認められず、通常税率との差額、過少申告加算税、延滞税などが問題になることがあります。

Verificationの方式と協定ごとの違い

Verificationの方式は、協定や証明制度によって異なります。

第三者証明制度では、輸入国税関が輸出国の発給機関や税関を通じて確認を行う場合があります。この場合、原産地証明書を発給した機関への照会が中心になることがあります。

自己申告制度では、輸入者、輸出者、生産者のいずれが原産品申告書を作成したかによって、確認先や必要資料が変わります。

CPTPPでは、輸入者、輸出者、生産者の自己申告が制度上認められており、輸入国税関が輸入者に確認を行うほか、必要に応じて輸出者や生産者に情報提供を求めることがあります。

RCEPでは、第三者証明、認定輸出者による原産地申告、自己申告制度などがあり、利用する証明方式や相手国によって実務対応が異なります。

日EU・EPAでは、輸出者自己申告の場合、輸入国税関が輸入者に確認した後、追加情報が必要であれば輸出国税関を通じて輸出者・生産者に確認を行う間接検証の仕組みが重要になります。

このように、Verificationは単に「税関から資料を求められる手続」ではありません。どの協定を使い、誰が申告書を作成し、どこに根拠資料があるかによって、対応手順が変わります。

Verificationの一般的な手順

事後確認では、まず税関から輸入者に対して質問書や資料提出依頼が送付されることがあります。

輸入者は、原産地証明書、原産品申告書、原産品申告明細書、原産性を裏付ける根拠資料を提出し、原産性を説明します。

輸入者の回答だけでは原産性を確認できない場合、輸出者、生産者、発給機関、輸出国税関などに追加確認が行われることがあります。

協定によっては、輸出者または生産者への書面照会、輸出国税関を通じた照会、訪問確認などが行われる場合があります。

税関が原産性を確認できれば、特恵税率の適用は維持されます。一方、回答がない場合、資料が不足している場合、または原産性を確認できない場合には、特恵税率が否認される可能性があります。

輸出者・生産者側の対応

EPAのVerificationでは、輸入者だけでなく、輸出者や生産者側にも対応が求められることがあります。

特に自己申告制度では、原産品申告書を作成した輸出者や生産者が、原産性を説明する資料を保有していることが重要です。

輸出者が商社であり、実際の製造情報を生産者が保有している場合には、商社だけでは十分な説明ができないことがあります。

この場合、生産者から税関へ直接資料を提出する、または輸出者を通じて必要情報を提供するなどの対応が必要になることがあります。

また、サプライヤー証明書を保存しているだけでは十分でない場合があります。税関確認では、サプライヤー証明書の根拠となる材料資料、製造工程、原産性判定資料の提示を求められることがあります。

輸入者側の対応

輸入者は、EPA税率を適用して輸入申告を行う立場として、原産地証明書や原産品申告書、原産性を裏付ける資料を管理する必要があります。

輸入者が自己申告を行う場合は、自ら原産性を判断した根拠資料を保存しておく必要があります。

輸出者や生産者が作成した申告書を利用する場合でも、税関から確認を受けた際に、必要な資料を提出できるよう、取引先との連絡体制を整えておくことが重要です。

輸入者が資料を保有していない場合でも、輸出者や生産者から税関へ直接資料を提出してもらう対応が必要になることがあります。

そのため、EPA利用前に、事後確認が来た場合の協力体制を取引先と確認しておくことが望まれます。

注意点

EPA利用時の書類保存と税関確認では、次の点に注意が必要です。

• 原産品申告書だけでは不十分で、根拠資料が必要になることがある
• HSコードが誤っていると、品目別原産地規則の判断も誤る
• RVCを使う場合、原価資料や計算根拠を保存しておく必要がある
• サプライヤー証明書の根拠資料まで確認されることがある
• 保存期間は協定、国内法令、申告主体によって異なる
• 輸入者、輸出者、生産者のいずれに確認が来るかは、協定や証明方式によって異なる
• 第三国経由の場合、積送基準を示す輸送書類が必要になることがある
• 税関確認の結果、特恵税率の適用が認められない場合がある
• 過去取引に影響し、関税差額や追加納税が問題になることがある

特にHSコードの誤りは、単なる分類ミスにとどまりません。HSコードが変わると、適用される品目別原産地規則（PSR）も変わるため、原産性の判定そのものが誤っていたと判断される可能性があります。

また、事後確認は輸入直後に限られず、過去の取引について行われることがあります。複数年分の輸入について同じ誤りが見つかった場合、関税差額、過少申告加算税、延滞税などがまとまって問題になることがあります。

具体例

RVCを説明できなかったケース

輸入者がEPA税率を使って輸入した貨物について、税関から原産性の確認を受けることがあります。

この貨物が付加価値基準（RVC）で原産品と判断されていた場合、原価計算資料、材料費、製造費、非原産材料の価格などを示す資料が必要になります。

輸出者や生産者がこれらの資料を保存していなければ、RVCを満たしていたことを説明できず、特恵税率が否認される可能性があります。

このケースでは、原産品申告書を作成した時点で、RVC計算資料とその根拠資料を保存しておくべきでした。

サプライヤー証明書だけで足りなかったケース

生産者がサプライヤー証明書をもとに原産性を判断していた場合でも、税関確認では、その証明書の根拠資料を求められることがあります。

サプライヤー証明書はあるものの、サプライヤーが原材料の原産地や製造工程を説明できない場合、原産性の確認が困難になります。

このケースでは、輸出者または生産者が、サプライヤー証明書だけでなく、その根拠となる資料の入手・保存体制を整えておくべきでした。

第三国経由貨物で積送基準を説明できなかったケース

EPA対象貨物が第三国を経由して日本へ輸入されることがあります。

この場合、第三国で積替えや一時保管が行われていても、原産品としての資格を失っていないことを説明する必要があります。

通し船荷証券、積替え記録、保税保管資料などを提示できない場合、積送基準を満たしていることを説明できず、特恵税率の適用が問題になることがあります。

このケースでは、輸入者とフォワーダーが、出荷前または輸送手配時に、経由地と積送基準に必要な輸送書類を確認しておくべきでした。

輸入者が取引先と連絡を取れなかったケース

数年前の輸入取引について税関確認が行われることがあります。

その時点で輸出者や生産者との取引が終了していたり、担当者が退職していたりすると、必要な資料を集められないことがあります。

このケースでは、輸入者がEPA適用時点から、取引先との協力条項、保存資料の範囲、事後確認時の連絡窓口を確認しておくべきでした。

まとめ

EPA利用時は、輸入時に原産地証明書や原産品申告書を提出するだけでなく、将来の税関確認に対応できる状態を維持することが重要です。

原産性の判断では、申告内容だけでなく、その根拠となる製造資料、原材料資料、原価計算資料、サプライヤー資料、輸送書類が重視されます。

保存期間は、協定、国内法令、輸入者・輸出者・生産者の立場によって異なるため、対象協定ごとに確認する必要があります。

フォワーダーは、輸送書類や通関書類の整合確認を支援できますが、原産性そのものを判断する立場ではありません。

EPAを利用する企業は、申告時点だけでなく、輸入後のVerificationまで見据えて、書類保存、社内管理、取引先との協力体制を整えておく必要があります。