原産地証明書の種類

2026年4月29日 2026年5月21日

Interlink編集部

概要

原産地証明書の種類とは、輸出入取引で使用される原産地証明について、目的、発行主体、証明方式、責任主体の違いにより整理したものです。
原産地証明書には、EPA・FTAなどの特恵税率を利用するためのものと、関税優遇とは別の目的で使う一般原産地証明書があります。

実務では、まず「特恵原産地証明書」なのか「一般原産地証明書」なのかを確認します。
そのうえで、第三者証明制度、自己申告制度、認定輸出者制度、REX制度、輸入者自己申告、生産者申告など、対象協定ごとの証明方式を確認します。

同じ「原産地証明」という名称でも、制度が異なれば、必要書類、申告主体、保存資料、税関確認への対応が変わります。
そのため、原産地証明書の種類を理解することは、EPA活用や輸出入書類管理の基本になります。

一般原産地証明書と特恵原産地証明書の違い

原産地証明書は、大きく一般原産地証明書と特恵原産地証明書に分けて整理できます。

一般原産地証明書は、主に輸出貨物の原産国を示すための証明書です。
輸入国側の通関手続、信用状条件、取引先の要求、輸入規制、原産地表示などのために使われることがあります。
EPA税率の適用を目的とするものではありません。

特恵原産地証明書は、EPA・FTAなどに基づく特恵税率を利用するために、貨物が協定上の原産品であることを証明する書類です。
この場合、HSコード、品目別原産地規則、関税分類変更基準、付加価値基準、加工工程基準、積送基準などを確認する必要があります。

実務では、取引先や輸入国側から「Certificate of Origin」や「原産地証明書」を求められた場合でも、それが一般原産地証明書なのか、EPA用の特恵原産地証明書なのかを確認することが重要です。

第三者証明制度

第三者証明制度とは、商工会議所などの発給機関が、申請者から提出された書類を確認し、原産地証明書を発給する制度です。

一般原産地証明書のほか、一部のEPAでは第三者証明制度による特定原産地証明書が使われます。
この場合、輸出者や申請者は、インボイス、製造証明書、原材料資料、原産地判定資料などを準備して申請します。

ただし、第三者機関が証明書を発給するからといって、原産性の実質的な説明責任がすべて発給機関に移るわけではありません。
発給機関は提出書類を確認しますが、原産地判断の基礎資料や申請内容の正確性は、基本的に申請者側で管理する必要があります。

輸出者自己申告

輸出者自己申告とは、輸出者が貨物の原産性を確認し、協定で定められた方式により原産品であることを申告する制度です。
第三者機関による発給を受けず、輸出者自身が原産地証明の申告主体になります。

日EU EPA、CPTPPなどでは、輸出者が原産地申告を行う方式が重要になります。
この場合、輸出者は、貨物が原産地規則を満たしていることを説明できる資料を保存しておく必要があります。

輸出者自己申告では、第三者機関による事前発給手続が不要になる一方で、申告者自身の管理責任が大きくなります。
HSコード、品目別原産地規則、材料表、製造工程表、RVC計算資料などを整えておくことが重要です。

原産地申告文の記載方式

原産地申告文の記載方式とは、インボイスその他の商業書類に、協定で定められた原産地申告文を記載する方式です。
自己申告制度では、この方式が使われることがあります。

原産地申告文には、対象貨物が協定上の原産品であること、原産国、輸出者情報、必要に応じて認定番号やREX番号などが記載されます。

原産地申告文は協定ごとに文言、対象書類、記載事項、番号の扱いが異なります。
日EU EPAではEU側輸出者のREX番号、日本側輸出者の法人番号、CPTPPでは原産品申告書の必要的記載事項など、協定ごとに確認すべき点が変わります。

記載内容に不足や誤りがあると、輸入申告時や税関確認時に追加確認が必要になることがあります。
そのため、申告文の有無だけでなく、協定ごとの記載要件を満たしているかを確認することが重要です。

生産者申告

生産者申告とは、生産者が貨物の原産性を申告する方式です。
生産者は、製造工程、原材料、加工内容、原価資料などを最も把握している立場にあるため、原産地規則の確認において重要な役割を持ちます。

協定によっては、輸出者だけでなく、生産者が原産地申告書を作成できる場合があります。
輸出者が製造情報を十分に持っていない場合、生産者からの情報提供や証明が必要になることがあります。

実務では、輸出者、輸入者、フォワーダーが原産性を判断できるとは限らないため、生産者が作成する資料やサプライヤー証明書が重要になります。

輸入者自己申告

輸入者自己申告とは、輸入者が自ら貨物の原産性を申告し、特恵税率の適用を求める方式です。
CPTPPやRCEPなどでは、協定や国ごとの運用により、輸入者による自己申告が関係する場合があります。

輸入者自己申告では、輸入者が原産性を説明できる資料を持っていることが前提になります。
輸出者や生産者しか持っていない製造情報、原材料情報、RVC計算資料などが必要になる場合、輸入者側だけでは説明できないことがあります。

そのため、輸入者自己申告を使う場合は、輸入者がどこまで根拠資料を取得・保存できるかを事前に確認する必要があります。

認定輸出者制度

認定輸出者制度とは、一定の要件を満たす輸出者が、税関などの認定を受けたうえで、原産地申告を行う制度です。
英語では Approved Exporter と呼ばれます。

認定輸出者制度を利用できる場合、輸出者は認定番号などを用いて、所定の原産地申告文を作成します。
継続的にEPAを利用する企業にとっては、手続の効率化につながる場合があります。

ただし、認定を受けるには、原産地管理体制、社内手続、保存資料、確認体制が求められます。
認定後も、原産地規則を満たすことを説明できる資料を保存し、税関確認に対応できる状態にしておく必要があります。

REX制度

REX制度とは、Registered Exporter Systemの略で、EU側の登録輸出者制度をいいます。
日EU EPAでは、EU側輸出者が一定金額を超える貨物について原産地申告文を作成する場合、REX番号の記載が必要になることがあります。

REX番号は、EU側輸出者を特定するための重要な情報です。
EUから日本へ輸入する場合は、インボイス等に記載された原産地申告文、REX番号の有無、対象貨物の金額、原産国表示を確認します。

一方、日本側輸出者がEU向けに原産地申告文を作成する場合は、EU側のREX番号ではなく、日本の法人番号を輸出者参照番号として扱うのが基本です。
輸出方向によって確認すべき番号が異なるため、EU発日本向けと日本発EU向けを分けて整理する必要があります。

GSPにおける原産地証明

GSPとは、一般特恵関税制度のことで、開発途上国などからの輸入品について、一定の条件を満たす場合に関税上の優遇を認める制度です。
EPA・FTAとは別の枠組みであり、適用条件や原産地証明方式も異なります。

GSPを利用する場合は、対象国、対象品目、原産地基準、直送要件、必要な原産地証明書を確認する必要があります。
EPAの特恵原産地証明書や自己申告制度とは異なる手続が求められる場合があります。

実務では、EPAを使う取引なのか、GSPを使う取引なのか、または一般原産地証明書だけが求められている取引なのかを分けて整理することが重要です。

協定ごとの証明方式の違い

原産地証明の方式は、協定ごとに異なります。
同じ貨物であっても、CPTPP、RCEP、日EU EPA、日ASEAN EPAなど、利用する協定によって必要な証明方法が変わることがあります。

CPTPPでは、自己申告制度が中心となり、輸入者、輸出者または生産者が原産品申告書を作成する場合があります。
日EU EPAでは、輸出者による原産地申告文、EU側輸出者のREX番号、日本側輸出者の法人番号などが重要になります。

RCEPでは、第三者証明制度、認定輸出者による自己申告、輸出者・生産者による自己申告、輸入者による自己申告などが、国ごと・時期ごとに関係します。
そのため、対象協定と輸出入国を確認したうえで、利用できる証明方式を判断する必要があります。

GSPを利用する場合は、EPAとは別に、一般特恵関税制度上の原産地証明方式を確認します。
同じ「特恵」と呼ばれる制度であっても、EPAとGSPでは根拠制度や必要書類が異なるため、混同しないことが重要です。

実務の流れ

原産地証明書の種類を確認する場合、一般的には次の流れで進めます。

原産地証明書が必要な理由を確認する
一般原産地証明書か、特恵原産地証明書かを確認する
EPA・FTA・GSPのどの制度を利用するのか確認する
EPA・FTAを利用する場合、対象協定を確認する
対象貨物のHSコードを確認する
品目別原産地規則（PSR）を確認する
利用できる証明方式を確認する
第三者証明、輸出者申告、生産者申告、輸入者申告のどれを使うか確認する
認定輸出者制度やREX番号の要否を確認する
原産地申告文、原産地証明書、原産品申告書などを準備する
原産性を裏付ける資料を保存する
輸入申告時または税関確認時に説明できる状態にしておく

主要書類

原産地証明書の種類を確認する際に重要となる主な書類は次のとおりです。

一般原産地証明書
特定原産地証明書
GSPに関する原産地証明書
原産品申告書
原産地申告文を記載したインボイスまたは商業書類
REX番号が記載された書類
認定輸出者番号が記載された書類
インボイス
パッキングリスト
HSコード確認資料
品目別原産地規則（PSR）の確認資料
製造工程表
原材料リスト
部品表、材料表
RVC計算資料
サプライヤー証明書
B/L、Sea Waybill、航空運送状などの輸送書類
積送基準を確認するための資料
税関確認に備える保存資料

責任主体の整理

原産地証明では、どの方式を使うかによって、誰が原産性を説明する立場になるかが変わります。

第三者証明制度では、商工会議所などの発給機関が提出書類を確認し、証明書を発給します。
ただし、原産性の基礎資料や申請内容の正確性は、基本的に申請者側で管理する必要があります。

自己申告制度では、輸出者、生産者または輸入者など、申告主体となる者が原産地証明の責任を負います。
そのため、誰が申告主体になるのか、誰が根拠資料を保存するのかを事前に確認しておくことが重要です。

フォワーダーの関与範囲

フォワーダーは、原産地証明書の発行主体でも、原産性そのものを判断する責任主体でもありません。
原産性の判断には、HSコード、製造工程、原材料、原価計算、サプライヤー情報などが必要であり、これは輸入者、輸出者、生産者が管理すべき情報です。

一方で、フォワーダーは、インボイス、パッキングリスト、B/L、Sea Waybill、Arrival Noticeなどの書類整合を確認したり、原産地証明書や原産地申告文の有無を確認したりする立場にあります。

フォワーダー実務では、EPA税率やGSPを使えるかどうかを断定するのではなく、必要書類、輸送経路、通関手続、税関確認への備えを補助する立場として整理するのが安全です。

注意点

原産地証明書の種類を確認する際は、次の点に注意が必要です。

一般原産地証明書と特恵原産地証明書を混同しない
EPA、FTA、GSPは制度が異なるため、必要書類を分けて確認する
同じ原産地証明書でも、目的によって使う制度が異なる
協定ごとに証明方式が異なる
自己申告制度では、申告主体が原産地証明の責任を負う
輸出者申告、生産者申告、輸入者申告の違いを確認する必要がある
第三者証明制度でも、原産性の基礎資料は申請者側で管理する必要がある
原産地申告文の文言や記載要件は協定ごとに異なる
REX番号、認定輸出者番号、法人番号などの扱いを確認する必要がある
書類保存が不十分だと、税関確認で原産性を説明できない場合がある
フォワーダーは書類整合を支援できるが、原産性の最終判断主体ではない

具体例

原産地証明書の種類では、次のような場面が問題になります。

一般原産地証明書：輸入国側の要求により、日本原産であることを示す一般原産地証明書を取得するケース
特恵原産地証明書：EPA税率を利用するため、協定上の原産品であることを示す証明書を準備するケース
GSPの原産地証明：一般特恵関税制度を利用するため、EPAとは別の原産地証明方式を確認するケース
輸出者自己申告：輸出者がインボイスに原産地申告文を記載し、特恵税率の適用を求めるケース
生産者申告：生産者が製造情報に基づき、貨物の原産性を申告するケース
輸入者自己申告：輸入者が自ら保有する資料に基づき、原産性を申告するケース
REX番号確認：EU側輸出者の原産地申告文にREX番号が必要かを確認するケース
証明方式の誤認：第三者証明が必要な協定で自己申告文だけを準備してしまうケース
根拠資料不足：原産地申告書はあるが、製造工程表や材料資料を保存しておらず、税関確認に対応できないケース

まとめ

原産地証明書には、一般原産地証明書、特恵原産地証明書、第三者証明、輸出者自己申告、生産者申告、輸入者自己申告、認定輸出者制度、REX制度、GSPに関する原産地証明など、複数の種類があります。

実務では、まず原産地証明書が必要な目的を確認し、一般原産地証明書なのか、EPA・FTA・GSPなどの特恵制度に関する証明書なのかを分けて整理します。
そのうえで、対象協定、証明方式、申告主体、必要な番号、保存資料を確認することが重要です。